Twist Variant Libraries (基因突變體文庫) 之優勢&應用

Twist 的定點飽和突變體文庫可讓您研究序列與蛋白質結構和功能之間的關係。這些文庫能生成 99% 的所需突變，並且提供Pool (All in one tube) 或Array (96 well plate) 兩種型式。它們能夠在每個位置篩選 1–20 種不同胺基酸（和最多 64 個密碼子），並對序列各突變體進行全面研究。

	Error-prone PCR	NNK/NNS	Twist 定點飽和突變體文庫
消除序列偏差	否	否	是
能用的密碼子數量	未知	32	全部64
避免多餘的motifs	否	否	是
可進行密碼子優化	否	否	是
避免終止密碼子出現	否	否	是

▲與傳統方法（如：Error-prone PCR和 NNK 法）不同，SSVL可消除序列偏差和不需要的取代。TRIM 的重複產率很低，導致典型文庫中全長產物 < 50%，而 Twist 文庫能產生更多可用變異，增加了有效文庫大小。

▲定點飽和突變體文庫(SSVL)能夠在篩選分析中高效地採集蛋白質序列樣本。上圖是一個在 65 個位點都有突變體（每個位點 19 個突變體）的 Twist 定點飽和突變體文庫數據。各條形代表不同的胺基酸位置，每種顏色表示觀察到的突變體頻率。所有突變體所佔的比例都符合預期。

SSVL特點：

1. Precisely Crafted Variant Libraries (精確構建基因突變文庫)

．全面控制密碼子使用頻率（全部 64 個密碼子均可用）

．各位點突變表達具有高度均一性

．無多餘密碼子或提前出現的終止密碼子

2. Verified Quality (品質經過驗證)

．嚴格的品質控制

．通過 NGS 驗證變異表達的一致性

．品質均一化後表達每個位點

3. Flexibility (靈活性)

．96 孔板中每孔一個位置或單個試管中彙集的所有位置

．在每個位置篩選 1 到 20 種不同的胺基酸

SOLD (Spread-Out Low Diversity) Libraries (SOLD，精準多樣性散點突變基因文庫)

Twist 的 SOLD 文庫是一款經濟、省時的蛋白質序列比對工具，使您能夠探索蛋白質序列與其功能之間的複雜關係。它可以使散佈在原始序列(Wild type)中的多個位置同時發生突變，且對這一序列進行定向探索，以生成多樣化的蛋白質庫。這些高保真文庫可快捷、經濟地替代 NNK、三聯核苷酸誘變 (TRIM) 技術、Error-prone PCR、隨機誘變和 DNA 改組等技術。與組合突變體文庫 (CVL) 不同的是，SOLD 文庫可在原始序列(Wild type)各處精準地納入多樣性突變，而沒有突變體結構域限制。此外，SOLD 文庫還可讓您同時探索多種突變，而定點飽和突變體文庫 (SSVL) 則不然。

SOLD特點：

1. Flexibility (靈活性)

．靈活性比傳統方法更高

．適用於多樣性分散的位點

．無需模板(template)

2. Precision (精準度)

．無提前出現的終止密碼子或多餘密碼子

．胺基酸和密碼子控制精確

．比 NNK、TRIM 和 epPCR 等傳統方法更精確

3. Superior Quality (高品質)

．SOLD 文庫包括修飾區域的 NGS 驗證

．嚴格的品質控制，所有變體均經過驗證

．各變異位點胺基酸分佈均勻

Combinatorial Variant Libraries (組合突變體文庫)

組合突變體文庫目的在推動並發現能夠表達出具有更高穩定性、更高結合力和更高酵素活性的分子。無論是抗體人源化文庫，還是複雜性受控的發現文庫 (Controlled complexity discovery libraries)，我們的基因突變體ORF都可以順利整合到單個或多個序列中，生產出 >10 ¹⁰ 的突變體。

	NNK/NNS	TRIM/TRIMER 控制	Twist 定點飽和突變體文庫
消除序列偏差	否	否	是
能用的密碼子數量	未知	32	全部64
避免多餘的motifs	否	否	是
可進行密碼子優化	否	否	是
避免終止密碼子出現	否	是	是

CVL特點：

1. High Diversity Precision (高多樣性和精準度)

．輕鬆地將多個變異結構域整合到一個或多個支架中

．精確控制密碼子使用頻率（全部 64 個密碼子）、胺基酸分佈和長度變異

2. Verified Quality (品質經過驗證)

．嚴格的品質控制，包括使用 NGS 對改造區域的驗證

．記錄序列變異率

．用戶定義的變異分佈均勻

．無提前出現的終止密碼子或多餘密碼子

3. Flexibility (靈活性)

．設計所有序列、單個或多個結構域以及組合 — 單點變異、雙重變異或三重變異

．模組化合成系統使得可以對未來文庫進行反覆運算

．比 TRIM 和NNK方法更靈活

高度多樣化的文庫

使用消除了序列偏差和多餘基序 (motif) 的更廣泛且高度多樣化的文庫，優化您的抗體和蛋白質篩選實驗。開展您需要的研究，無需浪費時間反復進行多輪篩選，可利用這些時間來研究更多序列，找出您所關注領域內的更多候選分子。另外，您可以放心，這些文庫不會提前終止轉譯，因為 Twist 文庫不含非預期的終止密碼子。

Combinatorial Assembly Libraries (組合組裝文庫)

與 Twist Bioscience 合作，憑藉我們的組合組裝文庫，通過大規模、高度多樣化的 T 細胞受體 (TCR)、嵌合抗原受體 (CAR) 和多特異性 VHH 文庫，識別和開發新型先進細胞療法(advanced cell therapies)。

組合組裝文庫通過無縫組裝多個變體域，快速創建文庫，這些文庫能夠對新的以及已知的變體進行高通量篩選和表徵 (characterization)，以進行治療研發。

利用您定制的 (customized) 基因部分，Twist Bioscience 將創建高度均一的組合組裝文庫，您可以使用這些文庫來篩選並識別 TCR、CAR 或抗體 VHH/scFv 結構域內定制基因部分的所需組合。

CAL特點：

1. High Diversity Libraries (高多樣性文庫)

．每個組合組裝可以由多達 10,000 個基因片段組合而成

2. Customize Your Libraries (客製化您的文庫)

．TCR：在 α 和 β 鏈中插入您定義的組合變體

．CAR：在鉸鏈區 (hinge domain)、跨膜區 (transmembrane domain) 和訊號域 (signaling domain) 插入您定義的組合變體

3. High Quality (高品質)

．文庫均經過 NGS 驗證，其中 > 90% 的可能變異在平均值的10 倍內出現

4. High Throughput (高通量)

．按照規模設計的文庫，具有跨序列多個元素的多樣性 (diversity across multiple elements of the sequence)

5. Flexible (靈活性)

．按照規模設計的文庫，具有跨序列多個元素的多樣性 (diversity across multiple elements of the sequence)

使用組合組裝文庫的 T 細胞受體 (TCR) 研發工作流程

組合組裝文庫可用於快速生成 TCR β 和 α 鏈的陣列 (arrayed) 和匯集 (pooled) 組合，用於高通量篩選和針對腫瘤新抗原的 TCR 鑑定。

使用組合組裝文庫的嵌合抗原受體 (CAR) 研發工作流程

CAR 架構的每個結構域都獨立而又協同影響 CAR 的功能。組合組裝文庫可用作微調每個模組的工具，以揭示相互依賴性，並更好地了解對 T 細胞特異性、抗原識別和 T 細胞功能的影響。

當您與 Twist Bioscience 合作為 TCR 研發和 CAR T 開發定制靈活的文庫時，您可以期待：

．準備篩選的組合文庫是真實的數據集，由每個可能的可變域組成，並且被精確地合成為片段

．可選擇更換架構組件並輕鬆進行測試

．能夠自由混合亞基 (subunit)，從而發現可以精確引起所需免疫反應的新組合。

．處理較小的組件文庫 (CAR) 並針對新目標 (TCR) 進行篩選

．NGS 驗證文庫，讓您準確了解正在篩選哪些變體，並可以更快地進行文庫設計的下一次迭代 (iteration)

2. Twist Oligo pools (寡核苷酸池)之優勢及應用

若有興趣，請加入倍思特官方Line@ ID: @abreal 或聯絡specialist@abrealbiotech.com，我們將盡快為您服務！

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