Clonal Genes
Twist利用基於矽的高精確度 DNA 合成平台帶來了更高質量的基因，並顯著提高了通量以及可擴展性 (High throughput and scalability) 。
Twist使您能夠更靈活地以您想要的方式獲得所需的 DNA。讓您能想得更遠，擴大您的實驗設計範圍，並加速研究的發現。
主要為合成DNA並Clone到plasmid vector中，再經過 NGS 進行序列驗證。
Clonal Genes特點
※ 您也可以使用新推出的，Twist eCommerce線上下單系統！
服務流程請見線上下單系統教學投影片(PPT)
點擊查看 ➜ 線上下單系統教學影片(YT)
點擊查看 ➜ 線上下單系統教學投影片(PPT)
聯絡資訊
E-mail : specialist@abrealbiotech.com
Line ID : @abreal
優化說明
利用外源宿主表達重組蛋白質是現今常用的生物技術，然而表達蛋白質之DNA序列中可能因為包含外源宿主不常使用的密碼子，而導致重組蛋白質表現量不足。因此，序列優化即是依照外源宿主常用的密碼子，更換重組DNA序列，使其可以在外源宿主中表達重組蛋白，以提高產量。
推薦參數
Overall GC content between 65%-25%
Local 50bp windows of no more than 75%and no less than 15%
Direct repeats between 12-16bps
Minimize hairpin-forming inverted repeat length
可優化物種
| Plant (植物) | Fungus (真菌) | Bacteria (細菌) | Animal (動物) | 其他 |
| Arabidopsis thaliana | Aspergillus niger | Bacillus subtilis | Caenorhabditis elegans | Toxoplasma gondii |
| Brassica napus | Aspergillus oryzae | Escherichia coli | Cricetulus griseus | |
| Glycine max | Hypocrea jecorina | Streptomyces coelicolor A3(2) | Homo sapiens | |
| Medicago sativa | Pichia pastoris | Mus musculus | ||
| Nicotiana tabacum | Saccharomyces cerevisiae | Rattus norvegicus | ||
| Petunia x hybrida | Yarrowia lipolytica | Sus scrofa | ||
| Pisum sativum | Xenopus laevis | |||
| Solanum tuberosum | Drosophila melanogaster | |||
| Zea mays | Spodoptera frugiperda |
可選擇載體 (點擊查看載體檔案)
| Cloning vector | Expression Vector | ||
| E. coli | Mammalian | Viral | |
| pTwist Amp High Copy(2221 bp) | pET-21(+)(5365 bp) | pTwist CMV(4304 bp) | pTwist Lenti SFFV(5701 bp) |
| pTwist Amp Medium Copy(2161 bp) | pET-24(+)(5232 bp) | pTwist CMV BG WPRE Neo(6842 bp) | pTwist Lenti SFFV Puro WPRE(7520 bp) |
| pTwist Chlor High Copy(2013 bp) | pET-28a(+)(5365 bp) | pTwist CMV BetaGlobin(4900 bp) | |
| pTwist Chlor Medium Copy(1953 bp) | pET-29b(+)(5366 bp) | pTwist CMV Hygro(6640 bp) | |
| pTwist ENTR(2415 bp) | pTwist CMV OriP(5043 bp) | ||
| pTwist ENTR Kozak(2421 bp) | pTwist CMV Puro(6211 bp) | ||
| pTwist Kan High Copy(2165 bp) | pTwist CMV WPRE Neo(6148 bp) | ||
| pTwist Kan Medium Copy(2105 bp) | pTwist CMV hIgG1(7777 bp) | ||
| pTwist CMV hIgG1-Fc(7495 bp) | |||
| pTwist CMV hIgG2(7765 bp) | |||
| pTwist CMV hIgG2-Fc(7468 bp) | |||
| pTwist CMV hIgG4 S228P(7768 bp) | |||
| pTwist CMV hIgK(7108 bp) | |||
| pTwist CMV hIgL2(7105 bp) | |||
| pTwist EF1 Alpha(4931 bp) | |||
| pTwist EF1 Alpha Puro(6838 bp) | |||
※列表上都沒有您想要的抗體嗎？沒關係~我們還有提供載體建置(Custom Vector Onboarding)服務！
四種規格供您選擇
50ng~2µg, 2µg~10µg, 10µg~100µg, 100µg~1mg
常見問題
Q1：Twist 能否提供克隆產品？
A1：Twist 可以將長達5,000 bp 的基因合成產物克隆到任一 Twist 提供的載體中。我們還提供克隆到您自己載體(custom vector) 中的服務。
Q2：Twist 是否提供植物表達載體？
A2：否，目前Twist 沒有在植物中表達的載體；然而，只要它達到我們的載體建置要求，我們就可以為您進行載體建置。
Q3：我是否需要在序列中包含限制酶切位點或突出位點(overhangs)？
A3：
對於Gene Fragments（無論是否有 adapter），您可能想在每個片段的末端添加您自己的限制酶切位點，以便輕鬆地將片段克隆到您所選的載體中。
對於Clonal Genes，只需提交您希望我們克隆到載體骨架上的獨有插入序列。我們將使用專有的、基於同源性的克隆方法來組裝我們的克隆基因，並為您設計和添加同源的突出位點序列(overhang sequences)，您在設計插入片段時無需受限於我們的克隆策略。
請注意，我們的克隆載體(Cloning vector) 沒有直接位於插入片段兩側的限制酶切位點。這使得設計具有充分的靈活性，因此您可以將所需的限制酶切位點附加到插入片段的兩側，以便在下游工作流程(downstream workflow) 中使用。
我們的表達載體(Expression vector) 插入點由兩個限制酶切位點表示——它們將完整地保留在您最終構建體(final construct) 插入序列的側翼。我們建議客戶通過點擊設計器(designer) 中的“下載序列”按鈕來查看最終的構建體(construct) 序列。訂單一旦提交進入生產，就不能再以任何方式進行更改。
Q4：克隆基因(Clonal Genes)的有效期限是多久？
A4：
Twist Bioscience 合成的DNA 產品經乾燥處理，或重懸(resuspension) 在2 mL 微量離心管、96 孔盤或384 孔盤中運輸。乾燥的DNA 在室溫下運輸，而重懸的DNA 則在冷凍狀態下運輸。
雙股DNA 和單股寡核苷酸在大多數標準實驗室儲存條件下呈穩定狀態。但是，為了保持Twist Bioscience 合成DNA 的高品質，遵循以下最佳實踐(best practices) 十分重要。
- Twist 建議根據儲存條件，遵循以下乾燥的DNA保存期限。
- 室溫時，可儲存3 個月。
- 4°C 時，可儲存12 個月。
- -20°C 時，可儲存24 個月。
- -80°C 時，可長期儲存。
- 重懸指南
- 重懸時，在打開試管或孔盤之前進行短暫離心，並在pH 8.0 的無核酸酶Tris-EDTA (TE) 緩衝液或pH 8.0 的10 mM Tris-HCl 中重懸至所需濃度。
- 建議使用濃度至少為10 ng/μL 的stock dilution，但最佳濃度需要根據您所需的應用來進行調整。
- 製備分裝的 stock dilution 以及工作溶液，以降低污染的發生機率並減少凍融的次數。製備完成後應盡快使用工作溶液，並盡量減少暴露在高溫下。
- 重懸的DNA
- 重懸適用於某些產品。您的DNA 產品在運輸時可能會採用下列緩衝液之一。我們建議在打開之前，對試管或孔盤進行簡單的離心。
- Elution buffer（2 mM Tris-Cl，pH 8.5）
- TE Buffer（10 mM Tris-Cl pH 8.0，1 mM EDTA）
- TE Buffer low EDTA（10 mM Tris-Cl pH 8.0，0.1 mM EDTA）
- Water
- 我們不建議在水中長期儲存。
- 根據儲存條件的不同，Twist 建議重懸後DNA 的保存期限如下。
- 室溫時，可儲存3 個月。
- 4°C 時，可儲存12 個月。
- -20°C 時，可儲存24 個月。
- -80°C 時，可長期儲存。
- 重懸適用於某些產品。您的DNA 產品在運輸時可能會採用下列緩衝液之一。我們建議在打開之前，對試管或孔盤進行簡單的離心。
Q5：Twist 如何檢測基因合成的品質？
A5：我們所有的克隆基因合成產品均經過NGS 測序驗證。
Q6：如何重懸我的基因？
A6：Twist 的DNA 產品經乾燥後，裝入96/384 孔盤或2 mL 微量離心管中。儘管雙股DNA 在大多數標準儲存條件下都呈穩定狀態，但我們建議您採用以下方法來保持DNA 的高品質：
- 收到產品後，將試管或孔盤短暫進行離心，並將DNA 在pH 8.0 的無核酸酶Tris-EDTA (TE) buffer 或pH 8.0 的10 mM Tris-HCl 中重懸至所需濃度。
- 我們不建議在水中重懸。
- 建議 stock solution 的濃度至少為10 ng/uL，但最佳濃度需要根據您所需的應用來進行調整。
- 製備原液和工作溶液並將兩者分裝，以防止發生污染並減少凍融的次數。
- 若要長期儲存，將DNA 置於-20°C 溫度下冰凍長達一年，或在-80°C 溫度下冰凍更長時間。
可以點擊此處查看重懸指南。
密碼子優化
Q1：Twist 的密碼子優化目前支持哪些生物體？
A1：以下是我們網站上支持密碼子優化的生物體列表：
- Arabidopsis thaliana
- Aspergillus niger
- Aspergillus oryzae
- Bacillus subtilis
- Brassica napus
- Caenorhabditis elegans
- Cricetulus griseus (CHO)
- Drosophila melanogaster
- Escherichia coli
- Glycine max
- Homo sapiens
- Hypocrea jecorina
- Medicago sativa
- Mus musculus
- Nicotiana tabacum
- Petunia x hybrida
- Pichia pastoris
- Pisum sativum
- Rattus norvegicus
- Saccharomyces cerevisiae
- Solanum tuberosum
- Spodoptera frugiperda
- Streptomyces coelicolor A3(2)
- Sus scrofa
- Toxoplasma gondii
- Xenopus laevis
- Yarrowia lipolytica
- Zea mays
如果您沒有看到您要找的特定生物體，請聯繫 specialist@abrealbiotech.com ，我們將竭誠為您服務。
Q2：如果我的基因被評為“不可能”，是否仍然可以進行合成？
A2：目前，我們無法合成評分為“不可能”的基因。導致我們的算法將基因評為“不可能”的因素有多種，而每個基因序列的具體參數是唯一的。我們的算法為專有算法，是利用機器學習開發的。除機器學習外，我們的算法還考慮了以下因素：
- GC 百分比在25%-65% 之間
- 最大同元聚合物(homopolymer) 長度<10
- 低同源性
以上因素的任意獨特組合會導致特定基因序列被評為“不可能”。
Q3：對於密碼子優化，可以採取哪些步驟來保持野生型(wild-type)蛋白質表達水平？
A3：
為了保持野生型蛋白質表達：
- 我們會避免使用稀有密碼子（密碼子頻率低於8%）。
- 我們會確保所得序列的前48 個鹼基對中的序列沒有牢固的髮夾結構(ΔG < -8)。
- 我們會對雙股都進行檢查，確保它們沒有包含您要求避免的酵素切位點。
- 我們會通過避免產生強sigma70 結合位點來防止將啟動子序列引入表達序列的內部。
- 我們會避免那些產生強核醣體結合位點(RBS) 的序列（GGAGG 和TAAGGAG）。
- 我們會避免那些產生終止子序列(terminator sequences) 的序列（TTTTT 或AAAAA）。
為了提高合成的成功率：
- 我們不會引入任何超過20 bp 的重複序列。
- 我們避免存在10 個或更多鹼基的同元聚合物。
- 我們避免那些產生小於25％ 或大於65％ 的整體GC％ 和小於35％ 或大於65％ 的局部GC windows (50 bp) 的擬合序列(fitted sequences)。
請注意，密碼子優化有助於提高成功合成的概率，而非蛋白質表達。
序列設計
Q1：是否有任何我需要遵循的基因序列限制/設計指南？
A1：重複結構和極端GC 含量是合成問題的主要影響因素。下列規則可指導您進行設計。但是，請注意，您可以通過限制重複序列和均衡GC 含量來提高成功的機率。
例如，如果您有一個總GC 含量為66% 的基因，您必須把它降低到至少65% 才能合成它，但如果進一步將其降低到60% 甚至以下，則該基因的合成成功率會更高。這同樣適用於消除重複序列、減少同元聚合物延伸以及消除GC windows 中的極端基因突變。您越能避免或減少基因中存在這種結構，就越有可能成功合成基因。
規則
- 避免重複序列≥ 20 bp 或Tm ≥ 60 ℃的情況，且整體GC 含量必須保持在25% 到65% 之間
- 避免基因內部GC 含量差異過大（即最高和最低50 bp 延伸片段之間的GC 含量差異應不大於52%）
- 盡量減少同元聚合物以及減少分散在整個序列中的小片段重複序列的數量/長度
- 對於HIS tag，需將CAC 和CAT 密碼子結合使用，即CACCAT
Q2：基因評分結果有什麼含義？
A2：在我們的網站上提交您的基因序列後，將自動對基因序列進行組裝可行性評分：
Standard：未發現錯誤。基因序列的總體複雜程度（如：長度、GC 含量、同源性等）為“standard”。
Complex：未發現錯誤。有一些序列複雜性（如：長度、GC 含量、同源性等）存在，但我們預計在合成您的基因時不會出現任何問題。在極少數情況下，序列可能會有周轉時間(turnaround time) 增加或製造失敗的風險。
Error：基因序列存在錯誤。請點擊序列，以獲取有關如何解決錯誤的更多詳情。
Not Accepted：該序列包含使我們無法合成的元素。請參閱錯誤消息提供的詳細解釋，或參考“設計指南”。
關於評分系統
我們的評分系統利用機器學習模型分析並結合多個序列參數（即總GC 百分比、最大同元聚合物長度、最大重複長度、序列長度、重複密度等）。該模型是使用我們的歷史製造數據進行訓練，它可以更精確地估計基因和抗體產品的生產成功率。
關於ISSUE 消息
Warnings：經機器學習模型預測，與失敗的風險相關。警告次數越多，越有可能導致評分為“Not Accepted”。
Errors：與基因複雜性無關，可以通過糾正基因設計來進行修復。
Q3：如何將胺基酸序列轉化為核酸序列？
A3：我們的網站接受胺基酸序列，並可將其轉化為DNA 序列之後進行合成。請在“上傳序列”頁面中選擇“胺基酸序列”選項。
請確保您輸入的僅包含胺基酸單字母字符。我們僅支持標準的20 個單字母代碼字符。
胺基酸序列末尾的“ * ”表示終止密碼子（我們不會自動添加終止密碼子）
我們將根據您選擇的密碼子使用頻率表，選擇最常用的密碼子。
如果您沒有看到您要找的特定生物體，請聯繫 specialist@abrealbiotech.com ，我們將竭誠為您服務。
Q4：Twist 目前提供哪些長度的合成DNA？
A4：客戶可以選擇訂購寡核苷酸池(Oligo Pools)、基因片段(Gene Fragments) 和克隆基因(Clonal Genes)。
寡核苷酸池(Oligo Pools) 中的寡核苷酸（線性單股 DNA）的合成長度範圍在 20 bp 到 300 bp。
基因片段(Gene Fragments) 是線性雙股 DNA，長度範圍在 300 bp 到 1,800 bp 之間。
克隆基因(Clonal Genes) 為雙股DNA，已經被克隆到Twist 的載體或客戶提供的載體中。克隆基因大小在300 bp 至 5,000 bp 之間。
※ 您也可以使用新推出的，Twist eCommerce線上下單系統！
服務流程請見線上下單系統教學投影片(PPT)
點擊查看 ➜ 線上下單系統教學影片(YT)
點擊查看 ➜ 線上下單系統教學投影片(PPT)
聯絡資訊
E-mail : specialist@abrealbiotech.com
Line ID : @abreal
優化說明
利用外源宿主表達重組蛋白質是現今常用的生物技術，然而表達蛋白質之DNA序列中可能因為包含外源宿主不常使用的密碼子，而導致重組蛋白質表現量不足。因此，序列優化即是依照外源宿主常用的密碼子，更換重組DNA序列，使其可以在外源宿主中表達重組蛋白，以提高產量。
推薦參數
Overall GC content between 65%-25%
Local 50bp windows of no more than 75%and no less than 15%
Direct repeats between 12-16bps
Minimize hairpin-forming inverted repeat length
可優化物種
| Plant (植物) | Fungus (真菌) | Bacteria (細菌) | Animal (動物) | 其他 |
| Arabidopsis thaliana | Aspergillus niger | Bacillus subtilis | Caenorhabditis elegans | Toxoplasma gondii |
| Brassica napus | Aspergillus oryzae | Escherichia coli | Cricetulus griseus | |
| Glycine max | Hypocrea jecorina | Streptomyces coelicolor A3(2) | Homo sapiens | |
| Medicago sativa | Pichia pastoris | Mus musculus | ||
| Nicotiana tabacum | Saccharomyces cerevisiae | Rattus norvegicus | ||
| Petunia x hybrida | Yarrowia lipolytica | Sus scrofa | ||
| Pisum sativum | Xenopus laevis | |||
| Solanum tuberosum | Drosophila melanogaster | |||
| Zea mays | Spodoptera frugiperda |
可選擇載體 (點擊查看載體檔案)
| Cloning vector | Expression Vector | ||
| E. coli | Mammalian | Viral | |
| pTwist Amp High Copy(2221 bp) | pET-21(+)(5365 bp) | pTwist CMV(4304 bp) | pTwist Lenti SFFV(5701 bp) |
| pTwist Amp Medium Copy(2161 bp) | pET-24(+)(5232 bp) | pTwist CMV BG WPRE Neo(6842 bp) | pTwist Lenti SFFV Puro WPRE(7520 bp) |
| pTwist Chlor High Copy(2013 bp) | pET-28a(+)(5365 bp) | pTwist CMV BetaGlobin(4900 bp) | |
| pTwist Chlor Medium Copy(1953 bp) | pET-29b(+)(5366 bp) | pTwist CMV Hygro(6640 bp) | |
| pTwist ENTR(2415 bp) | pTwist CMV OriP(5043 bp) | ||
| pTwist ENTR Kozak(2421 bp) | pTwist CMV Puro(6211 bp) | ||
| pTwist Kan High Copy(2165 bp) | pTwist CMV WPRE Neo(6148 bp) | ||
| pTwist Kan Medium Copy(2105 bp) | pTwist CMV hIgG1(7777 bp) | ||
| pTwist CMV hIgG1-Fc(7495 bp) | |||
| pTwist CMV hIgG2(7765 bp) | |||
| pTwist CMV hIgG2-Fc(7468 bp) | |||
| pTwist CMV hIgG4 S228P(7768 bp) | |||
| pTwist CMV hIgK(7108 bp) | |||
| pTwist CMV hIgL2(7105 bp) | |||
| pTwist EF1 Alpha(4931 bp) | |||
| pTwist EF1 Alpha Puro(6838 bp) | |||
※列表上都沒有您想要的抗體嗎？沒關係~我們還有提供載體建置(Custom Vector Onboarding)服務！
四種規格供您選擇
50ng~2µg, 2µg~10µg, 10µg~100µg, 100µg~1mg
常見問題
Q1：Twist 能否提供克隆產品？
A1：Twist 可以將長達5,000 bp 的基因合成產物克隆到任一 Twist 提供的載體中。我們還提供克隆到您自己載體(custom vector) 中的服務。
Q2：Twist 是否提供植物表達載體？
A2：否，目前Twist 沒有在植物中表達的載體；然而，只要它達到我們的載體建置要求，我們就可以為您進行載體建置。
Q3：我是否需要在序列中包含限制酶切位點或突出位點(overhangs)？
A3：
對於Gene Fragments（無論是否有 adapter），您可能想在每個片段的末端添加您自己的限制酶切位點，以便輕鬆地將片段克隆到您所選的載體中。
對於Clonal Genes，只需提交您希望我們克隆到載體骨架上的獨有插入序列。我們將使用專有的、基於同源性的克隆方法來組裝我們的克隆基因，並為您設計和添加同源的突出位點序列(overhang sequences)，您在設計插入片段時無需受限於我們的克隆策略。
請注意，我們的克隆載體(Cloning vector) 沒有直接位於插入片段兩側的限制酶切位點。這使得設計具有充分的靈活性，因此您可以將所需的限制酶切位點附加到插入片段的兩側，以便在下游工作流程(downstream workflow) 中使用。
我們的表達載體(Expression vector) 插入點由兩個限制酶切位點表示——它們將完整地保留在您最終構建體(final construct) 插入序列的側翼。我們建議客戶通過點擊設計器(designer) 中的“下載序列”按鈕來查看最終的構建體(construct) 序列。訂單一旦提交進入生產，就不能再以任何方式進行更改。
Q4：克隆基因(Clonal Genes)的有效期限是多久？
A4：
Twist Bioscience 合成的DNA 產品經乾燥處理，或重懸(resuspension) 在2 mL 微量離心管、96 孔盤或384 孔盤中運輸。乾燥的DNA 在室溫下運輸，而重懸的DNA 則在冷凍狀態下運輸。
雙股DNA 和單股寡核苷酸在大多數標準實驗室儲存條件下呈穩定狀態。但是，為了保持Twist Bioscience 合成DNA 的高品質，遵循以下最佳實踐(best practices) 十分重要。
- Twist 建議根據儲存條件，遵循以下乾燥的DNA保存期限。
- 室溫時，可儲存3 個月。
- 4°C 時，可儲存12 個月。
- -20°C 時，可儲存24 個月。
- -80°C 時，可長期儲存。
- 重懸指南
- 重懸時，在打開試管或孔盤之前進行短暫離心，並在pH 8.0 的無核酸酶Tris-EDTA (TE) 緩衝液或pH 8.0 的10 mM Tris-HCl 中重懸至所需濃度。
- 建議使用濃度至少為10 ng/μL 的stock dilution，但最佳濃度需要根據您所需的應用來進行調整。
- 製備分裝的 stock dilution 以及工作溶液，以降低污染的發生機率並減少凍融的次數。製備完成後應盡快使用工作溶液，並盡量減少暴露在高溫下。
- 重懸的DNA
- 重懸適用於某些產品。您的DNA 產品在運輸時可能會採用下列緩衝液之一。我們建議在打開之前，對試管或孔盤進行簡單的離心。
- Elution buffer（2 mM Tris-Cl，pH 8.5）
- TE Buffer（10 mM Tris-Cl pH 8.0，1 mM EDTA）
- TE Buffer low EDTA（10 mM Tris-Cl pH 8.0，0.1 mM EDTA）
- Water
- 我們不建議在水中長期儲存。
- 根據儲存條件的不同，Twist 建議重懸後DNA 的保存期限如下。
- 室溫時，可儲存3 個月。
- 4°C 時，可儲存12 個月。
- -20°C 時，可儲存24 個月。
- -80°C 時，可長期儲存。
- 重懸適用於某些產品。您的DNA 產品在運輸時可能會採用下列緩衝液之一。我們建議在打開之前，對試管或孔盤進行簡單的離心。
Q5：Twist 如何檢測基因合成的品質？
A5：我們所有的克隆基因合成產品均經過NGS 測序驗證。
Q6：如何重懸我的基因？
A6：Twist 的DNA 產品經乾燥後，裝入96/384 孔盤或2 mL 微量離心管中。儘管雙股DNA 在大多數標準儲存條件下都呈穩定狀態，但我們建議您採用以下方法來保持DNA 的高品質：
- 收到產品後，將試管或孔盤短暫進行離心，並將DNA 在pH 8.0 的無核酸酶Tris-EDTA (TE) buffer 或pH 8.0 的10 mM Tris-HCl 中重懸至所需濃度。
- 我們不建議在水中重懸。
- 建議 stock solution 的濃度至少為10 ng/uL，但最佳濃度需要根據您所需的應用來進行調整。
- 製備原液和工作溶液並將兩者分裝，以防止發生污染並減少凍融的次數。
- 若要長期儲存，將DNA 置於-20°C 溫度下冰凍長達一年，或在-80°C 溫度下冰凍更長時間。
可以點擊此處查看重懸指南。
密碼子優化
Q1：Twist 的密碼子優化目前支持哪些生物體？
A1：以下是我們網站上支持密碼子優化的生物體列表：
- Arabidopsis thaliana
- Aspergillus niger
- Aspergillus oryzae
- Bacillus subtilis
- Brassica napus
- Caenorhabditis elegans
- Cricetulus griseus (CHO)
- Drosophila melanogaster
- Escherichia coli
- Glycine max
- Homo sapiens
- Hypocrea jecorina
- Medicago sativa
- Mus musculus
- Nicotiana tabacum
- Petunia x hybrida
- Pichia pastoris
- Pisum sativum
- Rattus norvegicus
- Saccharomyces cerevisiae
- Solanum tuberosum
- Spodoptera frugiperda
- Streptomyces coelicolor A3(2)
- Sus scrofa
- Toxoplasma gondii
- Xenopus laevis
- Yarrowia lipolytica
- Zea mays
如果您沒有看到您要找的特定生物體，請聯繫 specialist@abrealbiotech.com ，我們將竭誠為您服務。
Q2：如果我的基因被評為“不可能”，是否仍然可以進行合成？
A2：目前，我們無法合成評分為“不可能”的基因。導致我們的算法將基因評為“不可能”的因素有多種，而每個基因序列的具體參數是唯一的。我們的算法為專有算法，是利用機器學習開發的。除機器學習外，我們的算法還考慮了以下因素：
- GC 百分比在25%-65% 之間
- 最大同元聚合物(homopolymer) 長度<10
- 低同源性
以上因素的任意獨特組合會導致特定基因序列被評為“不可能”。
Q3：對於密碼子優化，可以採取哪些步驟來保持野生型(wild-type)蛋白質表達水平？
A3：
為了保持野生型蛋白質表達：
- 我們會避免使用稀有密碼子（密碼子頻率低於8%）。
- 我們會確保所得序列的前48 個鹼基對中的序列沒有牢固的髮夾結構(ΔG < -8)。
- 我們會對雙股都進行檢查，確保它們沒有包含您要求避免的酵素切位點。
- 我們會通過避免產生強sigma70 結合位點來防止將啟動子序列引入表達序列的內部。
- 我們會避免那些產生強核醣體結合位點(RBS) 的序列（GGAGG 和TAAGGAG）。
- 我們會避免那些產生終止子序列(terminator sequences) 的序列（TTTTT 或AAAAA）。
為了提高合成的成功率：
- 我們不會引入任何超過20 bp 的重複序列。
- 我們避免存在10 個或更多鹼基的同元聚合物。
- 我們避免那些產生小於25％ 或大於65％ 的整體GC％ 和小於35％ 或大於65％ 的局部GC windows (50 bp) 的擬合序列(fitted sequences)。
請注意，密碼子優化有助於提高成功合成的概率，而非蛋白質表達。
序列設計
Q1：是否有任何我需要遵循的基因序列限制/設計指南？
A1：重複結構和極端GC 含量是合成問題的主要影響因素。下列規則可指導您進行設計。但是，請注意，您可以通過限制重複序列和均衡GC 含量來提高成功的機率。
例如，如果您有一個總GC 含量為66% 的基因，您必須把它降低到至少65% 才能合成它，但如果進一步將其降低到60% 甚至以下，則該基因的合成成功率會更高。這同樣適用於消除重複序列、減少同元聚合物延伸以及消除GC windows 中的極端基因突變。您越能避免或減少基因中存在這種結構，就越有可能成功合成基因。
規則
- 避免重複序列≥ 20 bp 或Tm ≥ 60 ℃的情況，且整體GC 含量必須保持在25% 到65% 之間
- 避免基因內部GC 含量差異過大（即最高和最低50 bp 延伸片段之間的GC 含量差異應不大於52%）
- 盡量減少同元聚合物以及減少分散在整個序列中的小片段重複序列的數量/長度
- 對於HIS tag，需將CAC 和CAT 密碼子結合使用，即CACCAT
Q2：基因評分結果有什麼含義？
A2：在我們的網站上提交您的基因序列後，將自動對基因序列進行組裝可行性評分：
Standard：未發現錯誤。基因序列的總體複雜程度（如：長度、GC 含量、同源性等）為“standard”。
Complex：未發現錯誤。有一些序列複雜性（如：長度、GC 含量、同源性等）存在，但我們預計在合成您的基因時不會出現任何問題。在極少數情況下，序列可能會有周轉時間(turnaround time) 增加或製造失敗的風險。
Error：基因序列存在錯誤。請點擊序列，以獲取有關如何解決錯誤的更多詳情。
Not Accepted：該序列包含使我們無法合成的元素。請參閱錯誤消息提供的詳細解釋，或參考“設計指南”。
關於評分系統
我們的評分系統利用機器學習模型分析並結合多個序列參數（即總GC 百分比、最大同元聚合物長度、最大重複長度、序列長度、重複密度等）。該模型是使用我們的歷史製造數據進行訓練，它可以更精確地估計基因和抗體產品的生產成功率。
關於ISSUE 消息
Warnings：經機器學習模型預測，與失敗的風險相關。警告次數越多，越有可能導致評分為“Not Accepted”。
Errors：與基因複雜性無關，可以通過糾正基因設計來進行修復。
Q3：如何將胺基酸序列轉化為核酸序列？
A3：我們的網站接受胺基酸序列，並可將其轉化為DNA 序列之後進行合成。請在“上傳序列”頁面中選擇“胺基酸序列”選項。
請確保您輸入的僅包含胺基酸單字母字符。我們僅支持標準的20 個單字母代碼字符。
胺基酸序列末尾的“ * ”表示終止密碼子（我們不會自動添加終止密碼子）
我們將根據您選擇的密碼子使用頻率表，選擇最常用的密碼子。
如果您沒有看到您要找的特定生物體，請聯繫 specialist@abrealbiotech.com ，我們將竭誠為您服務。
Q4：Twist 目前提供哪些長度的合成DNA？
A4：客戶可以選擇訂購寡核苷酸池(Oligo Pools)、基因片段(Gene Fragments) 和克隆基因(Clonal Genes)。
寡核苷酸池(Oligo Pools) 中的寡核苷酸（線性單股 DNA）的合成長度範圍在 20 bp 到 300 bp。
基因片段(Gene Fragments) 是線性雙股 DNA，長度範圍在 300 bp 到 1,800 bp 之間。
克隆基因(Clonal Genes) 為雙股DNA，已經被克隆到Twist 的載體或客戶提供的載體中。克隆基因大小在300 bp 至 5,000 bp 之間。